Les disques images de KVM ne sont pas utilisés sur tout leur espace ("sparse").
On peut copier les données sans les espaces vides avec la commande rsync -Sv ./image.vdi /dest/

Du coup, les images ont la même taille complète :
ls -l ./image.vdi /dest/image.vdi
et leur taille réellement occupée est
ls -s ./image.vdi /dest/image.vdi

La checksum est bien identique md5sum ./image.vdi /dest/image.vdi