Pour autoriser MPM_ITK à passer root avec sudo, il faut autoriser Apache à utiliser le compte root, sinon le PHP renvoie le message d'erreur :
sudo: PERM_ROOT: setresuid(0, -1, -1): Operation not permitted

La configuration est faite dans le fichier /etc/apache2/mods-available/mpm_itk.conf :
<IfModule mpm_itk_module>
LimitUIDRange 0 5000
LimitGIDRange 0 5000
</IfModule>

Activer le fichier de configuration et relancer Apache : cd /etc/apache2/mods-enabled ; ln -s ../mods-available/mpm_itk.conf ; service apache2 reload