Chaque VirtualHost peut disposer d'un php.ini spécifique.

Créer le php.ini spécifique et ajouter dans la configuration du VirtualHost :
<VirtualHost _default_:443>
    [...]
    PHPINIDir /etc/php5/apache2/php.ini-XXX.ini
    [...]
</VirtualHost>

Recharger apache pour la prise en compte : service apache2 reload

Cela permet d'ajouter un
max_execution_time = 90
pour PHPMyAdmin, sur le VirtualHost de gestion