En JQuery, pour récupérer la valeur d'un bouton radio ou d'une checkbox, il faut utiliser ".prop" :
<html>
<head></head>
<body>
  <form>
    <input name='Inverse' id='Inverse' type='checkbox'/>Tout sauf
  </form>
<script src="jquery.min.js"></script>
<script>
$("#parameter_protocoleVal, #parameter_protocoleInverse").on ("change keyup", function()
{
console.log ($("#Inverse").prop("checked"));
});
</script>
</body>
</html>

Et cela renvoie "true" ou "false" selon l'état.

L'usage de .attr("checked") renvoie la valeur définie dans le HTML.
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