En InnoDB, il est possible de mettre une table dans un fichier. Par défaut, historiquement, toutes les tables InnoDB étaient stockées dans un seul fichier.
Pour activer cela, éditer le fichier /etc/mysql/mariadb.conf.d/50-server.cnf et ajouter :
 [mysqld]
innodb_file_per_table = ON
Redémarrer le serveur : service mysql restart

Une fois fait, on peut lancer l'optimisation des tables afin de déplacer les données dans les fichiers
OPTIMIZE TABLE database.table
+----------------+----------+----------+-------------------------------------------------------------------+
| Table          | Op       | Msg_type | Msg_text                                                          |
+----------------+----------+----------+-------------------------------------------------------------------+
| database.table | optimize | note     | Table does not support optimize, doing recreate + analyze instead |
| database.table | optimize | status   | OK                                                                |
+----------------+----------+----------+-------------------------------------------------------------------+
Recommencer la commande pour l'ensemble des tables à convertir

On peut alors voir des fichiers apparaître dans le stockage : ls -l /var/lib/mysql/*/*.ibd
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