Pour informer l'utilisateur, il existe la librairie libnotify qui affiche des popus sur l'écran.

On peut utiliser une commande shell pour envoyer ces notifications :
notify-send --icon distributor-logo --hint int:x:100 --hint int:y:100 --hint byte:urgency:2 "Critical" "Shouldn't this be positioned at 100,100?"

La commande notify-send est disponible dans le paquet libnotify-bin.
Les icones sont disponibles dans /usr/share/icons/gnome/32x32/places/

Pour que root puisse envoyer des notifications à un utilisateur, utiliser le code suivant :

#!/bin/sh
user="UTILISATEUR A DEFINIR" # Mettre l'utilisateur normal
pids=`pgrep -u $user nautilus`
for pid in $pids; do
  # find DBUS session bus for this session
  DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS=`grep -z DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS /proc/$pid/environ \
    | sed -e 's/DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS=//'`
  # use it
  sudo -u $user DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS=$DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS \
    notify-send --icon distributor-logo --hint int:x:100 --hint int:y:100 --hint byte:urgency:2 "Critical" "Shouldn't this be positioned at 100,100?"
done