Pour pouvoir lancer un rsync vers une machine Ubuntu par SSH, et ce, sans autoriser la connexion root, on peut activer un sudo sans mot de passe pour rsync en faisant : sudo visudo, puis

VotreLogin ALL=(ALL) NOPASSWD:/usr/bin/rsync

.

Un fois fait, le backup par rsync peut se faire avec les droits de root (et donc sauvegarder des répertoires systèmes) : rsync -avz --delete -e 'ssh -l VotreLogin' --rsync-path "sudo rsync" /etc serveurBackup:/home/VotreLogin/temp/serveur.
Cet exemple sauve le /etc local dans la machine serveurBackup, dans le répertoire /home/VotreLogin/temp/serveur, au travers d'un tunnel SSH ouvert par l'utilisateur VotreLogin. Comme on demande sudo rsync, le serveur passe root et peut donc sauvegarder avec les bons noms d'utilisateurs.