Par défaut, les nouveaux dossiers de Thunderbird sont triés par discussion depuis la version 102.

Pour forcer l'affichage des mails triés par date (sans discussion), il faut aller dans le menu Affichage/Trier Par/Discussions non groupées.

Pour forcer l'affichage des répertoires existants, cliquer sur le bouton dans la barre de titre des mails, et choisir "Appliquer ces paramètres à..." puis "Dossiers et sous-dossiers".
Le sens de tri des mails peut aussi être appliqué aux dossiers existants : "Appliquer cette vue à..."

Il est aussi intéressant de mettre l'option par défaut :
Aller dans Edition/Paramètres/Général/Editeur de configuration, chercher mailnews.default_view_flags et mettre à 0 (à la place de 1).
Les options de configuration sont disponibles sur http://kb.mozillazine.org/Mail_and_news_settings (chercher default_view_flags)

Source https://forums.mozfr.org/viewtopic.php?p=930952#p930952