Lors de la mise à jour du système, il y a eu les warnings suivants :

update-initramfs: Generating /boot/initrd.img-4.15.17-3-pve
cryptsetup: WARNING: invalid line in /etc/crypttab for sda2_crypt - 
cryptsetup: WARNING: invalid line in /etc/crypttab for sda2_crypt - 

En cas de reboot, le système de démarre pas et finit par afficher :

ALERT! /dev/mapper/XXX-root does not exists. Dropping to a shell!

Booter sur une clé USB Debian, et chrooter dans le répertoire.

Regarder dans le répertoire ls -l /dev/mapper le nom du disque à chiffrer (sda2_crypt dans l'exemple)

Editer le fichier /etc/crypttab et changer la ligne :

#data_crypt UUID=016fb378-481f-495d-a7fe-39a34ef2f284 none luks
sda2_crypt UUID=016fb378-481f-495d-a7fe-39a34ef2f284 none luks

Une fois fait relancer la génération du initramfs : update-initramfs -u -k all
Elle ne doit plus générer d'erreur.